DSpace Repository

Some aspects of primer design for real time PCR with SYBR® Green as a dye

Show simple item record

dc.contributor.author MITIN, Valentin
dc.contributor.author MITINA, Irina
dc.date.accessioned 2020-12-24T15:46:10Z
dc.date.available 2020-12-24T15:46:10Z
dc.date.issued 2020
dc.identifier.citation MITIN, Valentin, MITINA, Irina. Some aspects of primer design for real time PCR with SYBR® Green as a dye. In: Journal of Engineering Science. 2020, V. 27(4), pp. 183-190. ISSN 2587-3474. eISSN 2587-3482. en_US
dc.identifier.uri https://doi.org/10.5281/zenodo.4296193
dc.identifier.uri http://repository.utm.md/handle/5014/12310
dc.description.abstract This work considers the sequence of steps for designing primers for real time qPCR analysis with SYBR® Green as fluorescent dye. For primer design, we used Primer-Blast software. As an example, we design primers to fum6 gene, a member of fumonisin biosynthetic gene cluster. The importance of a balance between specificity and efficiency of primers obtained with the help of Primer-Blast software is discussed. Challenges of obtaining specific primers are considered, possible solutions are suggested. BLAST analysis of the primers is discussed, potential approaches to choosing an optimal primer pair are considered. The testing results of the designed primers to Fusarium verticillioides fum6 gene in real-time PCR reaction are shown. We used the designed primer pair in a qPCR reaction and analyzed the amplification curve and melting curve of the amplicon. The shape of the amplification curve reflects the kinetics of PCR reaction and gives some approximation about primer efficiency. Melt curve analysis gives the information on primer specificity, with a single melt peak corresponding to a single PCR amplicon. en_US
dc.description.abstract În această lucrare se analizează etapele proiectării primerilor pentru reacția de polimerizare în lanț în timp real cu utilizarea colorantului fluoriscent SYBR® Green. Pentru proiectarea primerilor s-a folosit programul Primer-Blast. În calitate de exemplu, se examinează proiectarea primerilor pentru gena Fusarium verticillioides fum6 în reacția de polimerizare în lanț în timp real. Se pun în discuție aspecte ale analizei BLAST, în scopul optimizării proiectării primerilor. S-a folosit o pereche de primeri într-o reacție qPCR și s-a analizat curba de amplificare și curba de topire a ampliconului. Forma curbei de amplificare reflectă cinetica reacției PCR și ne oferă informații despre eficiența aproximativă a primerilor. Analiza curbei de topire ne oferă informații despre specificitatea primerilor, un singur vârf de topire corespunde unui singur amplicon PCR.
dc.language.iso en en_US
dc.publisher Tehnica UTM en_US
dc.rights Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States *
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/ *
dc.subject primers en_US
dc.subject fluorescent dyes en_US
dc.subject dyes en_US
dc.subject polimerizare en_US
dc.subject coloranți fluoriscenți en_US
dc.subject primeri en_US
dc.title Some aspects of primer design for real time PCR with SYBR® Green as a dye en_US
dc.type Article en_US


Files in this item

The following license files are associated with this item:

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States Except where otherwise noted, this item's license is described as Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account