Изучение структуры микробного сообщества черноземных почв Молдовы с использованием высокопроизводительного секвенирования

Abstract

На основании метода секвенирования нового поколения - пиросеквенирование (Illumina) впервые в Молдове проведено определение и описание метагеномной характеристики микробиома чернозема типичного в разных условиях землепользования. Выявлено, что сообщество прокариот представлено обеими доменами, в частности семнадцатью бактериальными филумами (59,8%) и двумя филумами Archaea (6,2 %). Только девять филумов имели обилие выше 1,0%: архейный филум Thaumarchaeota и бактериальные филумы Proteobacteria, Actinobacteriota, Bacteroidota, Acidobacteriota, Firmicutes, Verrumicrobiota, Planctomycetota и Myxococcota. Филумы с долей менее 1,0% предпочитали условия экспериментальных вариантов севооборотов. Значительную долю составляли неклассифицированные микроорганизмы, обилие которых варьировало от 25,8 до 38,2% весной и от 27,9 до 40,2% летом. Проведенные исследования показали, что влияние агротехнических мероприятий оказало существенное влияние на структуру микробиомного сообщества чернозема типичного.

Based on the new generation sequencing method - pyrosequencing (Illumina), for the first time in Moldova, there were determined and described the metagenomic characteristics of the typical chernozem microbiome under different land use conditions. It was revealed that the prokaryotic community is represented by both domains, in particular, seventeen bacterial phyla (59.8%) and two phylum Archaea (6.2%), only nine phyla had an abundance above 1.0%: the archaeal phylum Thaumarchaeota and the bacterial phyla Proteobacteria, Actinobacteriota, Bacteroidota, Acidobacteriota, Firmicutes, Verrumicrobiota, Planctomycetota, and Myxococcota. Phyla with a share of less than 1.0% preferred the conditions of experimental variants of crop rotations. A significant proportion were unclassified microorganisms, the abundance of which varied from 25.8 to 38.2% in spring and from 27.9 to 40.2% in summer. The conducted studies showed that the agrotechnical measures had a significant impact on the structure of the microbiome community of a typical chernozem.