DSpace Repository

Phylogenetical approach for the search of valuable metabolic products in cyanobacteria

Show simple item record

dc.contributor.author CEPOI, Liliana
dc.contributor.author GOLAN, Jacob
dc.contributor.author GRYGANSKYI, Andrii P.
dc.date.accessioned 2024-01-26T13:13:03Z
dc.date.available 2024-01-26T13:13:03Z
dc.date.issued 2015
dc.identifier.citation CEPOI, Liliana, GOLAN, Jacob, GRYGANSKYI, Andrii P. Phylogenetical approach for the search of valuable metabolic products in cyanobacteria. In: Buletinul Academiei de Ştiinţe a Moldovei. Ştiinţele vieţii, 2015, nr. 2(326), pp. 167-172. ISSN 1857-064X. en_US
dc.identifier.issn 1857-064X
dc.identifier.uri http://repository.utm.md/handle/5014/26066
dc.description.abstract Based on CrtP gene analysis we showed how phylogenetic approach could be used for detection of potentially efficient carotenoids producers, identification of their unknown isolates and for primer design for the screening of useful genes. ML analysis of the gene crtP in 15 taxa Journal of ASM. Life Sciences. No. 2(326) 2015 198 of cyanobacteria has shown that two cyanobacteria groups – Anabaena and Nostoc might be artificial and polyphyletic. More isolates and genes should be included in such analysis to detect possible horizontal gene transfer events in evolution of branching filamentous cyanobacteria. Phylogenetic analysis can be helpful in identification of unknown isolates. So, on our tree crtP gene of unknown bacterium (clone 66415, acc. # KP445989) is nested together with the gene of Nostoc punctiforme and possibly represents the same or closely related species. For crtP gene we have determined the fragment with total length 1350 nucleotide basepairs (450 amino acids) with no intones and pretty uniform structure with small insert of seven amino acids in the beginning of the sequence right after first conserved region. Both starting and ending part of this fragment with length of 39 nucleotide basepairs are well conserved (same aminoacids with no changes or minor differences in 3rd codon positions) are very suitable for primer design. en_US
dc.description.abstract На примере гена CrtP показано, каким образом филогенетический анализ может быть применен для поиска потенциальных производителей каротиноидов, для идентификации неизвестных изолятов и для проектирования праймеров с целью поиска полезных генов. ML анализ гена CrtP 15 таксонов цианобактерий показал что две группы-Anabaena și Nostoc могут быть искусственными или полифилетическими. Филогенетический анализ может быть применен также для идентификации неизвестных изолятов. На нашем филогенетическом дереве полученном для гена CrtP неизвестный изолят (клон 66415, acc. # KP445989) накладывается на Nostoc punctiforme PCC 73102 и следовательно, является тем же штаммом или же очень близким к нему. Для гена CrtP был определен участок общей длиной 1350 пар оснований (450 аминокислот), без интронов, с гомогенной структурой и инсерционным участком из 7 аминокислот в начале последовательности, непосредственно после первого консервативного участка. Начальные и концевые участки данного фрагмента длиной 39 пар оснований консервативны (одни и те же аминокислоты или минорные различия в зависимости от третьего основания в кодоне) и подходят для дизайна праймеров. en_US
dc.language.iso en en_US
dc.publisher Academia de Ştiinţe a Moldovei en_US
dc.relation.ispartofseries Buletinul Academiei de Ştiinţe a Moldovei. Ştiinţele vieţii;2015, nr. 2(326)
dc.rights Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States *
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/ *
dc.subject genes en_US
dc.subject cyanobacteria en_US
dc.subject phylogenetical approach en_US
dc.subject metabolic products en_US
dc.subject гены en_US
dc.subject филогенетический анализ en_US
dc.subject цианобактерии en_US
dc.subject метаболические продукты en_US
dc.title Phylogenetical approach for the search of valuable metabolic products in cyanobacteria en_US
dc.title.alternative Филогенетический подход в определении ценных метаболических продуктов из цианобактерий en_US
dc.type Article en_US


Files in this item

The following license files are associated with this item:

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States Except where otherwise noted, this item's license is described as Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account